بدخشان سرزمین بزرگی بود که در سال 1885 میلادی میان «روسیه تزاری» و «بریتانیای کبیر» به 2 بخش تقسیم شد.
یک بخش آن به روسیه با مرکزیت شهر «خاروغ» رسید و بخش دیگر آن به مرکزیت شهر «فیض آباد» به افغانستان پیوست
نمایی از شهر «فیض آباد» مرکز ولایت بدخشان
آنگونه که «صاحب نظر مرادی» در کتاب «بدخشان در تاریخ»، نوشته است شهر «ای خانم» به عنوان یکی از شهرهای مهم دوره باستانی بدخشان به دست اسکندر مقدونی پایه‌گذاری شد.
دره زیبای «واخان» در بدخشان
وجود این شهر در کنار دیگر مناطق همجوار در امتداد دریای «آمو» نشان می‌دهد که بدخشان یکی از مهم‌ترین مناطق آریایی‌نشین در روزگار قدیم بوده است.
عبور جاده تاریخی «ابریشم» از گذرگاه «پامیر»، به منطقه بدخشان موقعیت خاص بخشیده است، زیرا این منطقه همیشه محل عبور کاروان‌های تجاری حوزه مدیترانه با چین بوده است.