جود معادن لعل و لاجور از دیرباز با نام بدخشان پیوند خورده است و این منطقه از دوران باستان توجه حکومت‌های «آشور»، «مادها»، «هخامنشی‌ها» و «اسکندرمقدونی» را به سوی خود جلب کرده است.
معدن لاجورد در بدخشان
با ظهور دین اسلام، مردم این سرزمین به تدریج به دین اسلام گرایش پیدا کردند که بعد ها نقش بسیار گسترده‌ای در آفرینش فرهنگ اسلامی از خود به جا گذاشتند
هم‌ترین معدن طبیعی بدخشان، معدن لاجورد در «یمگان» به حجم 300 کیلومتر طول و 47 کیلومتر عرض است که به این منطقه شهرت جهانی بخشیده است
.
«ناصر خسرو قبادیانی» که یکی از بزرگ‌ترین شاعران زبان فارسی است در سال 394 (ه. ق) در قبادیان بلخ متولد شد و در سال 481 در 87 سالگی در شهر یمگان بدخشان فوت کرد و مزار وی در این ولایت قرار دارد.
صاحب نظر مرادی در کتاب بدخشان در تاریخ در مورد پایه‌گذاری مذاهب چهار گانه «اهل سنت» و مذهب شیعه اثنی‌عشری»، «شیعه اسماعیلی» و نیز در مورد فقها و علمای اسلامی در این منطقه و نقش فعال و کارسازی که از خود به یادگار گذاشته‌اند، اطلاعات خوبی را بیان کرده است
.
آن گونه که این نویسنده افغان نوشته است: بدخشان در دوره اسلامی توجه سپاهیان اسلام را به خود معطوف داشت و جنگ‌های فراوانی در این منطقه میان سپاه اسلام و سلسله «یفتلی» صورت گرفت و همچنین بدخشان سر آغاز قیام‌های «ابومسلم» و «سپید جامگان» خراسانی علیه «خلافت اموی» بوده است.
بدخشان در دوره سلطنت سامانیان که از دوره‌های پر درخشش علم ، فرهنگ و تجارت بوده است نقش مهمی در تاریخ خراسان داشته است
.
درحال حاضر اکثر مردم بدخشان که از قوم تاجیک و از نژاد آریایی هستند به زبان فارسی صحبت می‌کنند.