پنجشیر به فاصله ۱۲۰ کیلومتری به طرف شمالشرق کابل در بین دو شاخه جنوبی هندوکش، از شمالشرق به جنوب غرب موازی به امتداد هندوکش واقع است و دره‌های فرعی آن از شمال به جنوب و از جنوب به شمال امتداد داشته وبه دره عمومی پنجشیر وصل می‌شود.
ارتفاع آن ۲۲۱۷ متر از سطح دریا بوده و در نقاط مرتفع به ۶ هزار متر از سطح دریا می‌رسد. طول آن از دالان سنگ تا پای کوتل انجمن زیاده از ۱۲۵ کیلومتر است.
عرض دره پنجشیر اندازه‌های مختلفی دارد که بدون وسایل و وسایط فنی تعیین شده نمی‌تواند. پنجشیر از طرف شمال متصل است به خوست فرنگ و ولایت تخار و ولسوالی اندراب در ولایت بغلان واز طرف جنوب به نجراب سنجن و در نامه و ریزه کوهستان واز جانب مشرق و شمالشرق به نورستان و بدخشان واز طرف غرب به شتل احاطه‌است
رود پنجشیر از کوهستان هندوکش و نزدیکی گذرگاه انجمن سرچشمه می‌گیرد و به سوی جنوب شرقی جریان می‌یابد. پنجشیر از میان گدارهای باریک با دیواره‌های بلند می‌گذرد و در مسیر خود چندین شاخهٔ دیگر مانند غوربند و پریان دریا را دریافت می‌کند و سپس در حدود ۴۸ کیلومتری شرق کابل به رود کابل می‌پیوندد، پنجشیر از رودهایی دائمی افغانستان است و طول آن به ۳۲۰ کیلومتر می‌رسد.[۳] پنجشیر دارای موقعیت جیواستراتیژیک است. به طوری که با هفت ولایت کشور (در شمال با تخار، در شمال غرب با بغلان، در غرب با پروان، در جنوب با کاپیسا، در جنوب شرق با لغمان، در شرق با نورستان و در شمال شرق با بدخشان) متصل بوده و کم از کم با سه کشور خارجی مرز نزدیک دارد. این ولایت بیشتر از ۱۲۶ دره بزرگ و دهها دره کوچک دارد که اکثر یکی در مقابل دیگری قرار گرفته‌اند و هر دره به جندین دره فرعی تقسیم می‌شوند که به اهمیت استراتیژیکی آن بیشتر از پیش می‌افزاید. پنجشیر دارای کوه‌های بلند و برخی یخچال‌های طبیعی است که به طور عموم در فصل زمستان برف را به خود ذخیره می‌نماید و در هنگام گرمی این ذخایر برفی آب شده و چشمه‌ها و دریاچه‌های فراوانی از آن جاری می‌گردد که همه به رود خروشان پنجشیر مشهور به دریای پنجشیر متصل شده و به طرف پایین دره سرازیر می‌گردد. موجودیت چشمه‌های فراوان، علفزارهای سرسبز، آبشارهای زیبا و دوامدار در ارتفاعات این ولایت امکان زیست را در آن بیشتر ساخته و بستر طبیعی را برای جنگ‌های چریکی مساعد می‌سازد
